一、基本概念及其历史演变
历史上关于命门学说的论争，涉及它的职能、属性、配属关系，以及诊断和治疗等各方面；而其有关名目繁多的概念，则更存在理解上的分歧。因此有必要就其主要方面试予归纳，以清源流。
（一）职能之争
首先揭开命门学说论争序幕的是《难经》。《内经》以“心为君主之官”（《素问·灵兰秘典论》），谓“心者，五脏六腑之大主也，精神之所舍也”（《灵枢·邪客》）；在经络学上把两目名之曰命门（《灵枢·根结》）等。《难经》则把右肾称为命门，并指出它是“精神之所舍，原气之所系，男子以藏精，女子以系胞”（三十六难及三十九难）；又把“肾间动气”看成“五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原，一名守邪之神”（十八难及六十六难）。把右肾及肾间动气功能地位的描述，提到相当于《内经》中“心”功能地位的高度，并赋命门概念予右肾。
（二）诊断部位
晋代王叔和《脉经》，以寸关尺分部候五脏六腑，大意为左寸心小肠，左关肝胆，左尺肾膀胱，右寸肺大肠，右关脾胃，右尺肾膀胱。但同时又指出“左属肾，右为子户，名曰三焦”（《脉经》卷一第七）。此外其中有“脉法赞”云：“肝心出左，脾肺出右，肾与命门，俱出尺部。”若谓脉法赞亦属叔和之语，则3世纪时已在诊断学方面引进了命门的概念，指出命门的脉诊部位在尺部。其前称左属肾，右子户，名曰三焦，似乎是左尺可以候肾，右尺可诊三焦。肾为脏，三焦属腑，即称“肾与命门，俱出尺部”，虽未明言命门之诊究在左尺抑右尺。现左尺即诊肾与膀胱，两者为脏腑表里相配；然则，右尺似属命门与三焦二者脏腑表里相配之诊断部位。于是，被称为高阳生之《脉诀》，进一步指出“左心小肠肝胆肾，右肺大肠脾胃命”。11世纪刘元宾注《脉诀》后，此说盛行。13世纪蔡元定、14世纪戴起宗等先后非之，于是，命门的诊断部位也开始成为论争的问题之一。随着对命门功能概念的理解进一步扩展，也有认为“命门之绝，乃元神之聚散”，因而是“先天无形之不可脉也”（《吴医汇讲》）。
（三）配属关系
《内经》习称五脏六腑，在经络学上则有十二经，以经络配应脏腑，则尚少一脏。《难经》指出这第六脏应是命门：“五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也，其左为肾，右为命门。”（三十九难）而十二经中，配应五脏六腑后余的是手厥阴经，按《难经》命门为第六脏之理解，则命门似应配属手厥阴经；然《灵枢·经脉》谓“心主手厥阴心包络之脉”，这就是后世把命门与包络糅合为一的原始依据。五脏五腑表里相配，所余一腑三焦应配何脏？在经络学上是手厥阴心包与手少阳三焦为表里，现多出一个命门，故其配属又费周折。8世纪王冰注《金匮真言论》，其引《正理论》谓：“三焦者有名无形，上合于手心主，下合于右肾。”10世纪《太平圣惠方》称：“手心主与三焦脉曰手少阳及命门合，手心主有名而无脏，三焦有位而无形，故二经以为表里也。”开始把手厥阴心包络、手少阳三焦和命门三者配在一起。12世纪陈言《三因极一病证方论》谓：“右肾在右手尺中，属手厥阴（心包）经，与三焦手少阳经合。”把右肾归之手厥阴。同时期北方的刘完素在《素问玄机原病式》进一步提出：“右肾命门为小心，乃手厥阴相火包络之脏。”13世纪施发《察病指南》亦称以右尺诊命门，并谓：“一名手心主包络。”李东垣更有“相火，下焦包络之火”之说，把手厥阴心包络移至下焦，把命门和心主、包络、小心等概念糅而为一，且于此引进了“相火”的概念，开始了命门属性之争。
（四）君相之譬
“相火”概念，原属于运气学说，《素问·至真要大论》云：“厥阴司天，其化以风；少阴司天，其化为热；太阴司天，其化以湿；少阳司天，其化为火……”《素问·六微旨大论》云：“显明之右，君火之位也；君火之右，退行一步，相火治之……”原此作为司天及地理之应六节气位的说明。莫枚士谓：“少阴君火，主春分后六十日；少阳相火，主夏至前后六十日，与厥阴风木，太阴湿土等同为天之六气。”（《研经言》）宋代陈言开始把脏腑配天地，谓：“足厥阴肝居于巳，手厥阴右肾居于亥，巳亥为天地之门户，故风木化焉；足少阴肾居于子，手少阴心居于午，子午得天地之中，故君火位焉；足少阳胆居于寅，手少阳三焦居于申，寅申据生化之始终，故相火丽焉……”（《三因极一病证方论》）他把肝和右肾属厥阴风木，心肾属君火，胆三焦为相火。此君火相火概念，以后又转而被理解为脏腑职能分司之喻。
关于脏腑职能分司之喻，《灵枢·五癃津液别》云：“五脏六腑，心为之主，肺为之相，肝为之将，脾为之卫，肾为之主外。”《内经》既喻心为君主之官，是五脏六腑之大主，精神之所舍；同时又提出“小心”的概念，其位在“七节之傍”。此外又称膻中为臣使之官，以及还认为心，“其脏坚固，邪勿能容，故诸邪之在于心者，皆在于心包络”，赋予心包络以“心主”的概念。这样使人很易将此“心主”理解为“小心”，理解为“臣使之官”，以此来代替《内经》原意把肺之比作相。
陈无择之将心肾配君火，胆三焦配相火，还不能确当地解决脏腑职能分司比喻的要求。于是，刘完素引用《黄庭经》的“心为君火，肾为相火”之说，把右肾命门称为相火。因《难经》把命门功能描述得很重要，为“诸神精之所舍，元气之所系”；其功能地位几与《内经》之心相类。但是，心为“君主之官，神明出焉”，这个地位不能动摇，《难经》关于命门的功能重要性亦不能忽视。因此将命门列于仅次心君的相，似较合宜。于是刘完素把右肾、命门、小心、包络、相火等概念全部结合在一起，称“右肾命门为小心，乃手厥阴相火包络之脏”。因其为手厥阴包络之脏，“故与手少阳三焦合为表里，神脉同出，见于右尺；二经俱是相火，相行君命，故曰命门”（《素问玄机原病式》）。测其意，一方面手厥阴心包络相当于小心，可视为相，故命门为手厥阴包络之脏，当亦可视为相；另一方面因三焦属少阳相火，命门既已属手厥阴包络之脏，与三焦就有表里关系，于是随之“二经俱是相火”了。他指出相火就是“相行君命”，也因其“相行君命”，所以才称它为“命门”。
（五）命门属性
命门被赋予相火概念，从《难经》原义相当于《内经》关于心的职能，改变为“相行君命”的职能，作为仅次于“心君”而能主宰其他脏腑的一个功能概念，且同时赋予其属性为火。刘完素在此又提出“阳火”的概念，他引所谓：“仙经曰：先生右肾则为男，先生左肾则为女；谓男为阳火，女为阴水故也。”刘氏之所以提出“右肾属火而不属水”，是基于下列情况：唐宋以来，对肾虚“往往谓肾水虚冷”，而应用的是温热之剂。唐代服石之风很盛，迄宋代《太平惠民和剂局方》更以官府法定处方形式，集中温热补虚之大成。刘完素认为用此类“剽悍燥烈之药”以治疗所谓“肾水虚冷”是错误的，“肾水本寒，衰则热矣，肾水既少，岂能反为寒病耶”？他说：“假令下部寒者，谓下焦火气之虚也，故以热药补之；非助肾水之药尔，由水虚不能反为寒也。”为了说明“肾虚而下部冷者，非谓肾水虚”，他指出：“仙经曰：心为君火，肾为相火，是言右肾属火而不属水，是以右肾火气虚则为病寒也。”他为了反对服食说，反对滥用温热，因此又指出：“至如或因恣欲而病者，俗以为元气虚损而病寒者，皆误也。然诸所动乱劳伤，乃为阳火之化，神狂气乱而病热者多矣。”（以上均见《素问玄机原病式·火类》）
继后的李东垣提出了“阴火”的概念，他所指有三：①肾为阴火：“肾与膀胱受邪，膀胱主寒，肾为阴火，二者俱弱，润泽之气不行。”②肾间阴火：“或因劳役动作，肾间阴火沸腾。”③心为阴火：“心火者阴火也，起于下焦，其系系于心，心不主令，相火代之，相火下焦包络之火，元气之贼也，火与元气不能两立。”
刘完素称相火为阳火，是基于他的临床观察及其治疗特点。在当时的历史条件下，他所接触的病例中，这种热象大多在体质壮实元气未损的基础上发病，因而主用寒凉；对应用寒凉能解决的火，称之为阳火，符合命名原则。东垣之称阴火，它的发生，据其所述：有因“劳役动作”而致“肾间阴火沸腾”；有因“肾水真阴及有形阴血俱为不足，如此则阴血愈虚，真水愈弱，阳毒之热大旺，反增其阴火”；有“因喜怒忧恐，损耗之气，资助心火”，亦即“夫阴火之炽盛，由心生凝滞，七情不安故也”；更有因“脾胃气衰，元气不足而心火独盛，心火者阴火也”。由于东垣时代特点，其所接触的病例中，此种热象如其所描述多在元气虚衰的基础上发病，因而主用“辛甘温热”之剂；对应用温热药能解决的火，称之为阴火，同样也符合命名原则。
东垣之阴火较之完素之阳火，除了因他们不同的临床和治疗学特点，而有阴与阳属性不同的理解外，东垣之阴火，还包括了心火、肾火和肾间阴火。对于心火之称为阴火，他认为它起于下焦，其系系于心；用“心不主令，相火代之，相火是下焦包络之火”来解释。他之称肾间阴火，事实上把《难经》关于肾间动气的功能描述，与右肾命门的功能开始糅合起来，为以后把命门部位理解为在两肾中间开其端。
明代医家孙文垣不同意以右肾为相火和命门属火的看法。因为《黄庭经》有“两部肾水对生门”之语，南宋葛长庚（即白玉蟾）更有“两肾中间一点明”之谓。孙氏亦兼道家之流，他自号为生生子，于是他把命门由右肾移至肾间动气，认为此处犹人身之太极，右肾则仍与左肾同样属水，而“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极；五行由此而生，脏腑以继而成”（《医旨绪余》）。
这里，不仅涉以命门属性之争，还引进了先天太极的概念；并涉及命门的部位，命门与肾关系的争论。
（六）关于先天
从临床角度看，《内经》关于肾气的概念和仲景肾气丸的应用，是命门学说治疗学的根源。从理论方面看，《内经》按五行配五脏而以肾主水，以及古代认为水为万物本原的物质发生说，构成了命门学说中生命来源，如先天、性命之根、脏腑之本等思想。
《管子·水地》谓：“水者，集于天地而藏于万物，万物莫不以生。”纪天锡谓：“人之初生，受胎始于任之兆，惟命门先具，然后生心，心生血然后生肺，肺生皮毛然后生脾……”（《集注难经》）李中梓则认为：“先天之本在肾，肾应北方之水，水为天一之源，婴儿初生，未有此身先有两肾，水生木而后肝成，木生火而后心成……故肾为脏腑之本，十二脉之根，呼吸之本，三焦之源，而人资之以为始者也。”
在命门部位之争论中，一般仍不脱离与肾的联系。《难经》即首先把《内经》原为指两目的命门归之于右肾；朱肱认为“男子以右肾为命门，女子以左肾为命门”（《活人书》）。虞抟则谓：“以两肾总号命门。”（《医学正传》）孙文垣和赵养葵等认为命门居两肾之中，为人身之太极。而张景岳、陈修园及莫枚士等则从男子藏精、女子系胞这方面来解释命门的解剖部位。莫氏从《针灸甲乙经》以脐下2寸石门穴为命门穴，因而认为命门即产门者。此等只是把命门的功能狭隘地理解了，因为藏精与系胞仅是命门功能的一部分。
试从与命门一词原始有联系的几个方面，如生门、动气、小心等进行考察。所谓生门，亦有理解为脐，意指胎儿生长所系；或指子宫口或产道者，意指精由此入而胎儿由此娩出；由于新生命的形成发育和娩出，涉及生命来源问题，因而被重视作为命门部位的理解。所谓动气，丹波元简曾谓：“近有传荷兰学者云：人脊骨里面有一条大动脉，乃百脉之源也；按人腹上，测测然跳手者，即其动也。”（《医賸》）肾间动气指腹部动脉之搏动明显可扪及处，关于类似的理解，实肇始于《内经》，如“冲脉循脊里，为十二经之海”（《灵枢·五音五味》）；“夫冲脉者，五脏六腑之大海也，五脏六腑皆禀矣”（《灵枢·逆顺肥瘦》）。是故《难经》之谓肾间动气为五脏六腑之本、十二经之根者，当与《灵枢》之五脏六腑之海、十二经之海所指相同。说明在人类历史上，曾把腹主动脉看成是“五脏六腑之本”和“百脉之源”那样重要。又如所谓小心，明代王肯堂认为：“心系有二，一则上与肺连；一则自心入肺两大叶间曲折向后，并脊里细络相连，贯脊髓与肾相通，正当七节之间；所谓七节之傍，中有小心也。”（《郁冈斋笔尘》）由于这“自心入肺两大叶间曲折向后”的主动脉，曾被《灵枢》视为刺禁之列者，因其搏动仅亚于心，故被视为小心。
命门学说集中了前人对于多种重要功能地位的理解，而这些大多又与肾的功能理解相联系。如《灵枢·动输》云：“冲脉者，十二经之海也，与少阴之大络起于肾。”《难经》的命门“其气与肾通”。《脉经·脉法赞》之诊“肾与命门，俱出尺部”。因而可以认为，命门学说也是古代藏象学说中关于肾脏功能的延伸扩展。
不论用“天一生水”论肾，或用“太极”论命门，都是想说明人体这个“先天”的由来，像道家之探究宇宙发生论一样，都是为了寻求强身益寿，却病延年。但是医学究不同于道家，它主要还是通过医药手段，在临床实践中探索增进健康、提高机体抵抗力的道路。因此我们主要还应从治疗学的发展历程中更好地认识命门学说的本质，而对于有关概念的澄清，也只是为了更好地认识命门学说的临床意义。