原目錄1
1 原目錄：“原”字今補。原書目錄与正文差異較大。今將其作爲資料保留，另據正文新編目錄，置於書前。
藎齋醫要卷之一
天元紀大論 玉機真臟論 靈蘭秘典論
藎齋醫要卷之二
五運六氣司天圖 五運六氣總論 運氣起例歌訣
加臨棺墓指掌圖 棺墓起例訣 五運時行民病圖
藎齋醫要卷之三
診候六脉入式圖 三部九候圖 脉訣撮要
手足經圖 十二經脉始終 奇經八脉始終
藎齋醫要卷之四
中風門 中風論 附經驗方
痿門 痿症論 附經驗方
濕門 敘濕爲諸証 附經驗方
藎齋醫要卷之五
熱門 熱証論 陰陽虚盛論附方
火門 火証論 附經驗方
暑門 暑暍論 附經驗方
燥門 燥証論 附經驗方
藎齋醫要卷之六
傷寒門 傷寒論 陰証如陽1附方
陽証如陰 傷寒傳變論 傷寒証治賦附方
氣門 氣証論 附經驗方
疝門 諸疝論 附經驗方
1 陽：原作“陰”，據正文改。
藎齋醫要卷之七
心痛門 心痛論 附經驗方
頭疼門 頭疼論 附經驗方
頭眩門 傷寒頭暈論 附經驗方
腹痛門 腹痛論 附經驗方
腰痛門 腰痛論 附經驗方
藎齋醫要卷之八
婦人門 婦人病機論 序經調經論附方
婦人無子論 經閉不行論 經漏不止論附方
赤白帶下論 胎前難産論 産後血暈將護法
藎齋醫要卷之九
血門 血証論 腸風臟毒附方
内傷門 内傷外傷辯 附經驗方
勞瘵門 骨
勞瘵論 附經驗方
藎齋醫要卷之十
虚損門 虚損論 附經驗方
自汗門 自汗論 附經驗方
痟渴門 痟渴論 附經驗方
藎齋醫要卷之十一
瘧門 瘧論 附經驗方
痢門 痢論 附經驗方
霍亂門 霍亂論 附經驗方
泄瀉門 泄瀉論 附經驗方
藎齋醫要卷之十二
水腫門 水腫論 附經驗方
積聚門 積聚論 附經驗方
痰飲門 痰飲論 附經驗方
藎齋醫要卷之十三
咳嗽門 咳嗽論 附經驗方
反胃門 反胃論 附經驗方
吐酸門 吐酸論 附經驗方
藎齋醫要卷之十四
怔忡門 怔忡論 附經驗方
黃疸門 黃疸論 附經驗方
藎齋醫要卷之十五
小兒門 小兒論 附經驗方