1954年初，华北中医实验所成立后，时任所长的李振三（李鼎铭之子）便盛情邀请郑氏父子出任主任之职，领导针灸研究。同年10月，华北中医实验所合并于卫生部中医研究院（后改称中国中医研究院，现为中国中医科学院），郑毓琳担任针灸研究所第三研究室主任，主要负责担纲中国传统针灸针法的研究及郑氏家传手法的整理及传教。每天下午还要到政务院医务室应诊，负责中央首长及外宾的医疗工作。周恩来、李富春、李先念等中央领导先后就诊于郑毓琳先生。为了感激和鼓励毓琳公，1954年10月国务院秘书长齐燕铭抄录一篇《人民日报》社论相赠，1955年1月何香凝老人则亲绘“梅花傲雪”扇面以赠。一次在给周总理治完病后，总理留下先生共进晚餐，表扬了郑氏父子的业绩，鼓励他们积极进取，为新中国的针灸事业奠好基、带好头。餐后，由邓颖超带领在中南海划船游览。此后每年的国庆节，周总理总不忘亲切邀请郑氏父子到天安门城楼上观礼。

郑毓琳先生在既往五十余年中，针灸绝技在子女中他只传授长子郑魁山一人，外人更是无从说起。在毛主席的部署和周总理的亲自关怀下，郑毓琳彻底改变了“传儿不传女，传长不传幼”的保守思想。在卫生部中医研究院这个大舞台上，他付出了百倍的热情，在中医研究院开办了全国针灸高级师资进修班，经过严格的政审，先后有李志明、王德深、孟昭敏、曲祖贻、尚古愚、孟昭威、吴希靖、杨润平、魏明峰、金仁琪、王岱、张缙、裴廷辅等十余人投在郑氏门下，学习针灸针法绝技。这些弟子后来都成为我国针灸界的中流砥柱，为新中国的针灸临床、教学、科研和中医学院建设等作出了重要贡献。1958年夏，卫生部在中华医学会礼堂举办了中医针灸培训班，郑毓琳父子负责主讲针灸学。1959年初，又应邀到北京大学、北京中医学院、亚非疗养院讲授针灸学。至此，“郑氏针法”已由点到面，从北京辐射到了整个华夏大地，谱就了新中国针灸事业发展的绚丽篇章。