名侦探柯南：灰原哀最后的篇章

与黑衣组织决战后的两年，灰原以天才少女的身份加入了东京国立研究所继续APTX4869的研究，小兰和园子等人则顺利进入心仪的大学，尚未得到解药的工藤新一只能以继续江户川柯南的身份活动，和元太、光彦、步美三人共同荣升小学四年级。两年间在柯南的帮助下，少年侦探团依旧活跃，毛利的侦探事务所事业也蒸蒸日上，虽然偶有棘手的命案，但整体而言也算是顺风顺水，万事大吉。然而好景不长，警视厅机密档案被盗、警员遇害、国立研究所遭遇袭击，一系列的案件打破了原有的平静。一时间，独自生活在国立研究所的灰原竟成为了主要嫌疑人。为了破案和争夺APTX4869的研究成果，警视厅、CIA、FBI、雇佣兵、暴力团伙各方势力纷纷卷入其中，曾经背负着“叛逃者”罪名的灰原再次踏上逃亡之路，这次陪伴她的，依旧是那个被她埋藏在心底的男人……